4.1.1 Critères de sécurité et critères d'hygiène des procédés par type de produit
Ces critères dépendent de la destination du produit prévue par le fabricant (cuisson ou non avant la consommation) et sont présentés en annexe 3.
Les critères de sécurité s'appliquent au stade de la mise sur le marché et durant toute la durée de conservation de l'aliment. Ils concernent les microorganismes pathogènes : Salmonella spp. pour tous les produits, et Listeria monocytogenes pour les produits destinés à être consommés en l'état (tartare, carpaccio par exemple).
Les critères d'hygiène des procédés s'appliquent au cours du procédé de fabrication. Les flores bactériennes concernées sont la flore aérobie et les Escherichia coli « communs ».
Les E. coli « communs » sont des bactéries de la flore commensale du tube digestif, considérés comme des indicateurs appropriés d'une contamination d'origine fécale ou environnementale (avis de l'Afssa n°2006-SA-0215 du 18 janvier 2007). C'est la raison pour laquelle la contamination par E. coli est surveillée dans les aliments, comme d'indicateur de la maîtrise de l'hygiène du procédé de fabrication.
La note de service DGAL/SDSSA/N2008-8009 du 14 janvier 2008 précise les modalités de mise en œuvre des analyses microbiologiques et d'exploitation des résultats.